Este sou eu brincando de consertar obras alheias. Usando meu gosto como régua. Achando justo usar essas brechas que as obras de arte têm. Bom, vamos lá (COM SPOILERS):

O tema principal do filme é a dualidade pessoas comuns x pessoas com spec.

Se o spec é uma evolução da espécie ou apenas um detalhe genético. E se, assim como os humanos se deram o direito, os possuidores de spec podem moldar o mundo à sua maneira.

O primeiro problema é que esse dilema demora a se apresentar. Para ser mais específico, apenas na conversa que Touma, Sebumi e Nonomura têm no telhado do departamento de polícia, lá para o terceiro ato.

Pra isso ficar mais bem estruturado, faria algumas (várias) alterações...